Nedbrytningen av protein börjar så smått redan i magsäcken. Det är dock först i tunntarmen pepsidaserna (till största delen trypsin) urskiljes, och foderprotein i högre grad bryts ner till dipetider och aminosyror som därefter absorberas. Kroppens egna proteinspaltande enzymer (pepsidaserna) kan i tunntarmen mestadels bryta ner proteiner från icke fiberrika fodertyper. I tillägg kommer proteiner från fiberrika fodertyper som genom tuggning har gjorts åtkomliga för enzymatisk nedbrytning.