Nedbrytingen av protein begynner så smått alt i magesekken. Det er likevel først i tynntarmen peptidasene (først og fremst trypsin) skilles ut, og fôrprotein i større skala brytes ned til dipetider og aminosyrer som deretter absorberes. Kroppens egne proteinspaltende enzymer (peptidasene) kan i tynntarmen hovedsaklig bryte ned proteiner fra trevlefattige fôrmidler. I tillegg kommer proteiner fra trevlerike fôrmidler som gjennom tyggingen er gjort tilgjengelige for enzymatisk nedbryting. Når chymet når slutten av tynntarmen kan vi regne at 2/3 av fordøyelig protein i kornproduktene, og tilsvarende ca 1/3 fra grovfôr er fordøyd (figur 3). I tynntarmen skjer ikke bare absorpsjon av nitrogenholdige forbindelser.