Si la ration contient suffisamment de protéines, mais pas assez de lysine, la protéine peut être de mauvaise qualité. Une bonne qualité de protéine est particulièrement importante pour les jeunes chevaux en croissance et pour les juments en lactation. Une carence en lysine dans l'alimentation nuit à la croissance et au développement.
Les bonnes sources de lysine sont les aliments composés où la lysine a été ajoutée. Le soja est également riche en lysine et peut être administré en complément dans l'alimentation. Le pâturage est une bonne source de lysine mais varie au cours de l'année avec une teneur élevée au printemps et faible en hiver.